هدف المجلس الانتقالي الجنوبي هو استعادة السيادة وبناء الدولة الجنوبية الفدرالية  المستقلة كاملة السيادة على حدود 21 مايو 90م. وهذا مثبت في وثائقه ومعلن، ولا تتردد قيادات المجلس في الإفصاح عنه في كل  المحافل السياسية. ويعمل ويناضل في مختلف المجالات السياسية والعسكرية والأمنية وغيرها تحت الراية الجنوبية من أجل تحقيق  هذا الهدف، وهذا ليس بخافٍ على أحد، ويعلمه المجتمع المحلي والإقليمي والدولي وكل   الأطياف السياسية، و أغلب شعب الجنوب ملتف حول المجلس الانتقالي الجنوبي، ومؤيد له؛ لأن هذا الهدف الذي يناضل من أجله  المجلس الانتقالي  يعبر عن تطلعات هذا الشعب، وقد تجاوز كل الأحزاب والمكونات التي تنتقص من هذا الهدف،  والمجلس الانتقالي مرحب  بكل القوى والمكونات والأحزاب الجنوبية التي تتبنى هذا الهدف، وتنشد  الشراكة  الجنوبية.

وهناك أمر آخر ينبغي أن يدركه الجميع، يتمثل في المسار السياسي الذي يختطه المجلس  الانتقالي الجنوبي للوصول إلى هذا الهدف. وقد ثبت الانتقالي في رؤيته السياسية تعدد المسارات، طالما جميعها تمضي نحو تحقيق الهدف،  أكان للقوى السياسية والمجتمعية المنضوية في إطار المجلس أم تلك التي خارجه، فالعلاقة بين الهدف والمسار هي نفس العلاقة بين الاستراتيجية والتكتيك. وهناك كثيرون ممن يحاول أن يخلط بين المسار السياسي  والهدف، أكان بقصد أم بدون قصد، وهذا الخلط تستخدمه قوى معادية لتطلعات شعبنا  تحاول أن تشكك في المجلس وتشوهه أمام الجنوبيين من خلال استخدامها للمسارات التي يختطها المجلس في رسائلها للداخل الجنوبي، وتصويرها كأنها الهدف الرئيس للمجلس،  وأن المجلس قد تراجع عن الهدف المعلن، مستخدمة التضليل وتدني مستوى الوعي عند البعض، وعلى العكس من ذلك تضمن رسائلها للداخل الشمالي وغيره تشدد الانتقالي في ما يسموه  زورا وبهتانا (انفصال) وأن المرونة التي يختطها في مساراته ماهي إلا مناورات سياسية وتكتيكات تخدم هدفه.

لهذا لابد من إيضاح ذلك الأمر، من خلال اتفاق الرياض الموقع بين المجلس الانتقالي الجنوبي والحكومة اليمنية المعترف بها دوليا، الذي استخدمته تلك القوى المعادية في رسائلها للداخل الجنوبي أنه تراجع من الانتقالي عن هدفه الرئيس المذكور آنفا، بل وتفريط في دم الشهداء (ليظهروا كأنهم حريصين على الدم الجنوبي الذي أهدروه هم)  ثم يضمنوا رسائلهم للداخل الشمالي عكس ذلك، فيضمنونها أن اتفاق الرياض خطوات على طريق (الانفصال) وأنه يهدف إلى استهداف الشعب في الشمال فهم يلعبوا على صنع  واستخدام مثل هذه المتناقضات.

إن اتفاق الرياض -كما هو في شكله ومضمونه- ليس حلا للقضية الجنوبية، إنما تقتضيه متطلبات المرحلة الراهنة، وتحالفات الضرورة لحشد الطاقات لمواجهة الحوثي وفي نفس الوقت تحسين الأوضاع في المناطق المحررة، وخصوصا الخدمات التي يضمنون رسائلهم لداخل الجنوبي أن الانتقالي والتحالف سبب معاناتهم، بينما يضمنوا رسائلهم للداخل الشمالي أنه عمل مخطط له من قبلهم  لمنع ما يسمونه (الانفصال). 

إن المسار السياسي  للمجلس الانتقالي الجنوبي الذي يختطه اليوم للوصول لتحقيق تطلعات الجنوبيين (لتحقيق الهدف الرئيس المذكور آنفا) بكلفه أقل هو إحداث تراكم من الإنجازات السياسية والعسكرية للدخول إلى المفاوضات السياسية القادمة التي ترعاها الأمم المتحدة، وهو يمتلك قدرات تمكنه من تحقيق النصر الجنوبي في استعادة السيادة وبناء الدولة الجنوبية الفدرالية المستقلة كاملة السيادة على حدود 21 مايو 90م.  هذا هو المسار السياسي للمجلس الانتقالي الجنوبي الذي لا يخفيه،  بل يعلنه للكل، ويتمسك به، وهو مسار سلمي اختطه شعبنا منذ بدء حراكه الجنوبي السلمي.

والمجلس الانتقالي لا ينكر على أي مكون سياسي أو اجتماعي يختط أي مسار آخر طالما يهدف إلى تحقيق تطلعات الشعب بأقل كلفة، ولكن ليس كما تفعله القوى المعادية لتطلعات شعبنا حين تقف القوات الجنوبية مدافعة عن شعب الجنوب من الإرهاب ومن محاولة إعادة احتلاله تنادي هذه القوى بان هذا خروج عن النضال السلمي، وحين يختط المجلس الانتقالي المسار السياسي تنادي أن الانتقالي فرط وأن عليه أن يستخدم القوة كما فعل الحوثي، وأن لا يعير اهتماما للتحالف والمجتمع الدولي.