ومن البنود التي طلبت الحكومة الشرعية إضافتها إلى الاتفاق هناك بند يقضي بمنحهم حصانة من أي مساءلة أو ملاحقة قانونية مستقبلا، فيما يشترط البند الآخر اعتماد الحوار الوطني ومخرجاته كمرجع أساسي، وهو ما قوبل بالرفض القاطع من قبل المجلس الانتقالي الجنوبي الذي رأى أن هذين الشرطين يفرغان القضية الجنوبية من محتواها السياسي والحقوقي، كما أنهما لا يمثلان مرتكزات واقعية يمكن البناء عليها لحل الأزمة اليمنية والقضية الجنوبية بشكل أساسي.​